Zwei Treppen neben der Altarinsel führen hinab in die Krypta. Nach der Zerstörung der Domapsis im 2. Weltkrieg wurde die im 19. Jahrhundert eingeebnete Krypta wieder errichtet. Man verwendete hierbei auch Trümmer, die in den Fundamenten gefunden wurden. Die Fenster des Künstlers Hans Kaiser geben die Bedeutung der Sakramente in Farben und abstrakten Formen wieder. Sie geben der Krypta eine besonders stimmungsvolle Athmosphäre.

Kaiser-Fenster der Hauptkrypta

Die Nebenkrypta wird nur zur Beichte genutzt, ist sonst verschlossen. Drei ihrer Fenster sind ebenfalls abstrakte Werke von Hans Kaiser:

Kaiser-Fenster der Nebenkrypta